Las contraindicaciones de la Maderoterapia son pocas y entre ellas podemos destacar las siguientes:

• No se recomienda la aplicación de la Maderoterapia a mujeres embarazadas de menos de 15 semanas.
• No se recomienda la aplicación de la Maderoterapia a personas en proceso cancerígenos, puede haber riesgo de mover las células cancerosas a través del sistema linfático. (Según la medicina).
• No se recomienda la aplicación de la Maderoterapia a personas con problemas o patologías renales.
• No se recomienda la aplicación de la Maderoterapia a personas con problemas de varices muy avanzadas.
• No se recomienda la aplicación de la Maderoterapia a personas con algún tipo de reacción alérgica a la madera.

En algunos de estos casos se podría aplicar la Maderoterapia bajo el consentimiento de un profesional médico y su supervisión.